يحوي مركز المخطوطات بمكتبة الحرم المكي الشريف التابعة للرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، قرابة 8000 مخطوط نادر باللغة العربية، وأكثر من 370 مخطوطة بغيرها، وما يزيد عن 2750 مخطوطة مصورة، وأكثر من 550 مجلدًا من فهارس المخطوطات، بالإضافة إلى أكثر من 31450 مخطوطة رقمية، و105 مخطوطات رقمية تم إعادة ترميمها بدارة الملك عبدالعزيز.
ويُعنى المركز بالمخطوطات الأثرية وحفظها والاهتمام بها والحرص على اقتناء الثمين منها، ويضم المركز آلاف المخطوطات الأصلية والمصورة، وذلك من خلال ثلاثة أقسام رئيسية وهي: قسم المخطوطات، وقسم الكتب النادرة والطبعات القديمة، وقسم الميكروفيلم.
ومن أبرز المخطوطات التي يضمها المركز، مخطوطة فوائد البزاز "الغيلانيات في أجزاء الحديث" لمؤلفه: محمد بن عبدالله بن إبراهيم الشافعي المتوفى سنة 354هـ وتاريخ نسخه سنة494هـ حيث تعد أقدم مخطوطة في المركز، وأما مسند الموطأ لمؤلفه عبدالرحمن بن عبدالله بن محمد الغافقي المتوفى سنة 381هـ وتاريخ نسخه سنة 693هـ فتعد النسخة الوحيدة في العالم، وأما مخطوطة مجمع البحرين في زوائد المعجبين لمؤلفه نجم علي بن أبي بكر بن سليمان الهيثمي المتوفى سنة 807هـ وتاريخ نسخة سنة 857هـ تعد النسخة الوحيدة الكاملة في العالم.
يُذكر أن آخر ما ضُم إلى المركز من إرث علمي نادر وقديم هي مخطوطات خاصة من مكتبة الشيخ عبدالله بن حميد وجاري العمل على تقسيمها وتوزيعها بين أرفف المركز ليتمكن الباحث المختص بعد ذلك من الاطلاع عليها والاستفادة من محتواها.